Генетические и эпигенетические предикторы чувствительности плоскоклеточного рака языка к препаратам платины

Обоснование. Лечение местно-распространенных злокачественных опухолей языка на современном этапе развития клинической онкологии представляет собой сложную задачу и является важной проблемой в онкологии. Цель исследования — скрининг генетических и эпигенетических предикторов чувствительности местно-распространенного рака языка к терапии препаратами платины. Методы. Проведено комплексное клиническое и молекулярно-генетическое обследование 100 больных с местно-распространенными злокачественными опухолями языка, а также 30 доноров без онкологической патологии. В исследовании использован новый способ лечения местно-распространенного плоскоклеточного рака языка с использованием двухэтапной суперселективной эмболизации в качестве компонента комплексного лечения. На первом этапе проведен скрининговый биоинформатический анализ для формирования панели генетических локусов, ассоциированных с чувствительностью к терапии препаратами платины. Определение относительной копийности и экспрессии этих локусов, отвечающих за репарацию и регуляцию пролиферации и апоптоза, проводили методом Real-Time qPCR. Результаты. Интеграция наборов данных секвенирования РНК, данных о вариациях числа копий и соответствующей клинико-патологической информации из базы данных TCGA и GEO позволила выделить 65 генетических локусов, ассоциированных с чувствительностью к терапии препаратами платины. Эти гены были валидированы на биологическом материале пациентов. Лабораторный скрининг показал наличие дифференциальной экспрессии генов BRCA1, BLM, ERCC1, EXO1, RAD50, PIF1, LIG1, BCL2, ERBB2, MAGEH1, NGFRAP1 и CASP8, коррелирующей с изменением числа их копий в тканях, между группами больных, чувствительных и резистентных к терапии препаратами платины. В плазме крови больных плоскоклеточным раком языка обнаружен профиль копийности генов BRCA1, BLM, EXO1, RAD50, PIF1, LIG1, CASP8, MAGEH1 и NGFRAP1, дифференциальный для двух групп пациентов — чувствительных и резистентных к терапии препаратами платины. На основании bootstrap-моделей получена финальная панель генов: BLM/NGFRAP1, BRCA1/MAGEH1, EXO1/RAD50, BLM/CASP8, BRCA1/RAD50 и BRCA1/EXO1, обеспечивающая диагностическую чувствительность на уровне 95% и специфичность на уровне 90% (AUC 0,98) при разделении пациентов на группы чувствительных и резистентных к терапии препаратами платины. Заключение. Комплексный биоинформатический анализ данных секвенирования РНК, данных о копийности генов и клинико-патологической информации из базы данных TCGA и GEO, а также лабораторный скрининг потенциальных предикторов позволили получить панель генов — BLM/NGFRAP1, BRCA1/MAGEH1, EXO1/RAD50, BLM/CASP8, BRCA1/RAD50 и BRCA1/EXO1, сочетание которых обеспечивает высокую диагностическую чувствительность и специфичность при разделении пациентов на группы восприимчивых и резистентных к терапии препаратами платины.