Молекулярно-генетический мониторинг и технологии цифровой трансформации в современной эпидемиологии

Обложка


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Пандемия новой коронавирусной инфекции явилась серьезным вызовом для системы здравоохранения всех стран. Так, по состоянию на май 2023 г. в мире зарегистрировано 766 млн подтвержденных случаев заболевания и более 6,9 млн случаев смерти. В Российской Федерации зарегистрировано более 22 млн случаев заболевания и 398 тыс. летальных случаев от новой коронавирусной инфекции. Быстро меняющаяся эпидемиологическая ситуация обусловила потребность в систематизации материала для проведения аналитической работы. Стала очевидной необходимость создания специальных инструментов для агрегации массива разнородной информации. Высокая скорость накопления мутаций в геноме возбудителя сделала необходимым изучение циркулирующих геновариантов как с позиции ускользания их от постморбидного и поствакцинального иммунитета, так и с точки зрения особенностей эпидемического процесса, вызванного отдельными вариантами вируса, и их значимости для практического здравоохранения и организации противоэпидемических мероприятий. Значительная разнородность субъектов Российской Федерации по плотности населения, географическим и экономическим условиям обусловила необходимость организации работы по осуществлению постоянного молекулярно-генетического мониторинга изменчивости возбудителя COVID-19. Активное развитие вычислительных технологий и задачи, возникшие перед системой эпидемиологического надзора в период пандемии COVID-19, сформировали предпосылки к стремительному развитию процесса цифровой трансформации в эпидемиологии. На базе ЦНИИЭ были созданы три платформы — российская система агрегации данных VGARus, SOLAR и аналитическая платформа для анализа эпидемиологической обстановки по новой коронавирусной инфекции на базе программы Superset, которые явились основными инструментами эпидемиологического мониторинга новой коронавирусной инфекции.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Василий Геннадьевич Акимкин

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: vgakimkin@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-4228-9044
SPIN-код: 4038-7455

доктор медицинских наук, профессор, академик РАН

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Камиль Фаридович Хафизов

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: khafizov@cmd.su
ORCID iD: 0000-0001-5524-0296
SPIN-код: 9082-5749

кандидат биологических наук

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Дмитрий Васильевич Дубоделов

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: dubodelov@cmd.su
ORCID iD: 0000-0003-3093-5731
SPIN-код: 4860-7909

кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Евгений Михайлович Воронин

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: emvoronin@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-5925-7757
SPIN-код: 8153-8179
Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Анна Сергеевна Черкашина

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: cherkashina@pcr.ms
ORCID iD: 0000-0001-7970-7495
SPIN-код: 7854-7358

кандидат химических наук

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Светлана Викторовна Углева

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Автор, ответственный за переписку.
Email: uglevas@bk.ru
ORCID iD: 0000-0002-1322-0155
SPIN-код: 8840-5814

доктор медицинских наук, профессор

Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Денис Валерьевич Стратулат

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: stratylat@cmd.su
ORCID iD: 0000-0003-0988-4466
Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Александр Андреевич Самсонов

Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии

Email: samsonov@cmd.su
ORCID iD: 0009-0007-8036-1883
Россия, 111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а

Список литературы

  1. Weekly epidemiological update on COVID-19 — 18 May 2023. Ed. 143. Availanle online: https://www.who.int/publications/m/item/weekly-epidemiological-update-on-covid-19---18-may-2023. Accessed on August 30, 2023.
  2. Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Углева С.В. и др. COVID-19 в России: эпидемиология и молекулярно-генетический мониторинг // Вестник РАМН. — 2022. — Т. 77. — № 4. — С. 254–260. — doi: https://doi.org/10.15690/vramn2121 [Akimkin VG, Semenenko TA, Ugleva SV, et al. COVID-19 in Russia: epidemiology and molecular genetic monitoring. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences. 2022;77(4):254–260. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.15690/vramn2121
  3. Ступак В.С., Зубко А.В., Маношкина Е.М. и др. Здравоохранение России в период пандемии COVID-19: вызовы, системные проблемы и решение первоочередных задач // Профилактическая медицина. — 2022. — Т. 25. — № 11. — С. 21–27. — doi: https://doi.org/10.17116/profmed20222511121 [Stupak VS, Zubko AV, Manoshkina EM, et al. Healthcare in Russia during the COVID-19 pandemic: challenges, systemic issues, and addressing priorities. Profilakticheskaya Meditsina. 2022;25(11):21–27. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.17116/profmed20222511121
  4. Hill V, Ruis C, Bajaj S, et al. Progress and challenges in virus genomic epidemiology. Trends Parasitol. 2021;37(12):1038–1049. doi: 10.1016/j.pt.2021.08.007
  5. Attwood SW, Hill SC, Aanensen DM, et al. Phylogenetic and phylodynamic approaches to understanding and combating the early SARS-CoV-2 pandemic. Nat Rev Genet. 2022;23(9):547–562. doi: https://doi.org/10.1038/s41576-022-00483-8
  6. Khare S, Gurry C, Freitas L, et al. GISAID’s Role in Pandemic Response. China CDC Weekly. 2021;3(49):1049–1051. doi: https://doi.org/10.46234/ccdcw2021.255
  7. Catlin T, Lorenz JT, Sternfels B, Willmott P. A Roadmap for a Digital Transformation. In: McKinsey & Company. March 2017. Available online: https://www.mskinsey.com/industies/financial-services/our-insights/aroadmap-for-a-digital-transformation. Accessed on August 30, 2023.
  8. Digital, Technology, and Data. In: Boston Consulting Group. 2023. Available online: https://www.bcg.com/en-us/digital-bcg/overview.aspx. Accessed on August 30, 2023.
  9. Laney D. 3D Data Management: Controlling Data Volume, Velocity and Variety. META Group. February 6, 2001. 4 p. Available online: https://studylib.net/doc/8647594/3d-data-management--controlling-data-volume--velocity--an... Accessed on August 30, 2023.
  10. ГОСТ Р ИСО/МЭК 20546-2021. Национальный стандарт Российской Федерации. Информационные технологии. Большие данные. Обзор и словарь. [All-Union State Standard Р ИСО/МЭК 20546-2021. National standard of the Russian Federation. Information technology. Big data. Overview and vocabulary. (In Russ).]
  11. ГОСТ 33707-2016 (ISO/IEC 2382:2015). Межгосударственный стандарт. Информационные технологии. Словарь. [All-Union State Standard 33707-2016 (ISO/IEC 2382:2015). Interstate standard. Information technologies. Vocabulary. (In Russ).]
  12. ГОСТ ISO/IEC 17788-2016. Межгосударственный стандарт. Информационные технологии. Облачные вычисления. Общие положения и терминология. [All-Union State Standard ISO/IEC 17788-2016. Interstate standard. Information technology. Cloud computing. Overview and vocabulary. (In Russ).]
  13. ГОСТ Р 59895-2021. Национальный стандарт Российской Федерации. Технологии искусственного интеллекта в образовании. Общие положения и терминология. [All-Union State Standard Р 59895-2021. National standard of the Russian Federation. Artificial intelligence technologies in education. General provisions and terminology. (In Russ).]
  14. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Плоскирева А.А. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение I: проявления эпидемического процесса COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. — 2022. — Т. 99. — № 3. — С. 269–286. doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-276 [Akimkin VG, Popova AYu, Ploskireva AA, et al. COVID-19: the evolution of the pandemic in Russia. Report I: manifestations of the COVID-19 epidemic process. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology = Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2022;99(3):269-286. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-276
  15. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. — 2022. — Т. 99. — № 4. — С. 381–396. — doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295 [Akimkin VG, Popova AYu, Khafizov KF, et al. COVID-19: evolution of the pandemic in Russia. Report II: dynamics of the circulation of SARS-CoV-2 genetic variants. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology = Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2022;99(4):381–396. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295
  16. Meyerowitz EA, Richterman A, Gandhi RT, Sax PE. Transmission of SARS-CoV-2: A Review of Viral, Host, and Environmental Factors. Ann Intern Med. 2021;174(1):69–79. doi: https://doi.org/10.7326/M20-5008
  17. O’Toole Á, Pybus OG, Abram ME, et al. Pango lineage designation and assignment using SARS-CoV-2 spike gene nucleotide sequences. BMC Genomics. 2022;23(1):121. doi: https://doi.org/10.1186/s12864-022-08358-2
  18. Хорошун Д.К., Момыналиев К.Т., Воронин Е.М., Акимкин В.Г. Анализ поисковых запросов в «Яндекс», связанных с COVID-19 в Российской Федерации // Медицинский алфавит. — 2022. — № 18. — С. 14–22. doi: https://doi.org/10.33667/2078-5631-2022-18-14-22 [Khoroshun DK, Momynaliev KТ, Voronin EM, Akimkin VG. Analysis of Yandex search queries related to COVID-19 in Russian Federation. Medical alphabet. 2022;(18):14–22. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.33667/2078-5631-2022-18-14-22
  19. Акимкин В.Г., Тутельян А.В., Шулакова Н.И., Воронин Е.М. Пандемия COVID-19: новый виток нарастания антибиотикорезистентности // Инфекционные болезни. — 2021. — Т. 19. — № 3. — С. 133–138. — doi: https://doi.org/10.20953/1729-9225-2021-3-133-138 [Akimkin VG, Tutelyan AV, Shulakova NI, Voronin EM. Пандемия COVID-19 pandemic: a new round of antibiotic resistance. Infectious diseases. 2021;19(3):133–138. (In Russ).] doi: https://doi.org/10.20953/1729-9225-2021-3-133-138

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Издательство "Педиатръ", 2023



Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах