Отправить статью по E-mail 
Этиология бактериальных инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, и антибиотикорезистентность основных возбудителей у пациентов, госпитализированных с COVID-19: ретроспективный анализ
- Авторы: Карноух К.И.1, Дроздов В.Н.1, Ших Е.В.1, Жилина С.В.2, Лазарева Н.Б.1
-
Учреждения:
- Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова (Сеченовский университет)
- Морозовская детская городская клиническая больница
- Выпуск: Том 77, № 1 (2022)
- Страницы: 25-32
- Раздел: АКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ ИНФЕКЦИОННЫХ БОЛЕЗНЕЙ
- Дата публикации: 18.04.2022
- URL: https://vestnikramn.spr-journal.ru/jour/article/view/1552
- DOI: https://doi.org/10.15690/vramn1552
- ID: 1552
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Обоснование. Одним из осложнений у пациентов, госпитализированных с COVID-19, является инфекция, связанная с оказанием медицинской помощи (ИСМП). Ее частота может достигать 15%, что обусловливает важность определения ее этиологии и антимикробной резистентности ключевых патогенов, ответственных за развитие данной патологии, для дальнейшего совершенствования практики назначения и повышения эффективности противомикробной химиотерапии. Цель исследования — оценить этиологическую структуру ИСМП и антибиотикорезистентность основных возбудителей ИСМП с целью совершенствования практики назначения антибиотиков. Методы. В этом ретроспективном исследовании были проанализированы медицинские карты пациентов, госпитализированных с COVID-19 в ГКБ № 4 г. Москвы в период с 28 апреля по 1 ноября 2020 г. Получены демографические показатели, данные по клиническим исходам, а также установлена этиологическая структура ИСМП и устойчивость к противомикробным препаратам основных возбудителей ИСМП. Варианты клинических исходов также сравнивались между пациентами в тяжелом и критическом состоянии. Результаты. Из 3180 пациентов, госпитализированных с COVID-19, у 220 (6,9%) была зафиксирована нозокомиальная бактериальная инфекция, в 50,0% случаев с летальным исходом. Средний возраст пациентов составил 72,7 ± 13,07 года. Более высокий уровень летальности наблюдался в группе пациентов в критическом состоянии (63%). За время исследования было выделено 560 штаммов бактерий (58,8% — из легких, 21% — из мочи и 20,2% — из крови). 330 штаммов (58,9%) были грамотрицательными бактериями. У 109 пациентов определялась микст-инфекции. 45 из них (20,5% от общего числа пациентов) имели 2 патогена, а 64 (29,1%) пациента — 3 и более микроорганизмов. Ведущими возбудителями ИСМП были A. baumannii (23,6%; 132/560), K. pneumoniae (22,9%; 128/560) и S. epidermidis (10,4%; 58/560). Частота выделения карбапенем-резистентных штаммов A. baumannii составила 97%. Цефоперазон/сульбактам был наиболее активным антибиотиком в отношении данного патогена с чувствительностью 62,1%. Среди штаммов K. pneumoniae уровень резистентности к карбапенемам составил 77,4% к меропенему и 54% к имипенему. Доля штаммов, резистентных к тигециклину и колистину, составила 4 и 2,3% соответственно. Уровень выявления метициллин-резистентных штаммов S. aureus составил 38,5%. 50% штаммов E. faecium были устойчивы к ванкомицину. Выводы. Среди выделенных бактериальных патогенов у пациентов, госпитализированных с COVID-19, преобладали грамотрицательные бактерии, в частности A. baumannii и K. pneumoniae. Показатели резистентности основных выделенных бактерий были высокими, что указывает на необходимость более точного использования антибактериальных средств для лечения нозокомиальных бактериальных инфекций у пациентов, госпитализированных с COVID-19.
Ключевые слова
Полный текст
Обоснование
Согласно результатам ряда исследований, инфекция, связанная с оказанием медицинской помощи (ИСМП), частота которой у госпитализированных пациентов с COVID-19 может составлять до 15%, является серьезным осложнением данного заболевания [1, 2]. По имеющимся данным, около 50% пациентов, умерших от COVID-19, имели ИСМП [2, 3]. Таким образом, можно утверждать, что пациенты с присоединившейся бактериальной инфекцией имеют более высокий риск смерти, а эффективная противомикробная терапия является одной из ключевых мер для успешного лечения COVID-19 [4].
Из-за отсутствия контролируемых клинических исследований по эмпирическому назначению антибактериальных препаратов у пациентов с COVID-19 текущие рекомендации основаны на экстраполяции данных по другим вирусным пневмониям [4]. В кратком руководстве [5] указано, что эмпирическая антимикробная терапия у пациентов с тяжелой формой COVID-19 с ИСМП должна охватывать все возможные патогены. Кроме того, у тяжелых пациентов может быть рекомендовано эмпирическое назначение ингибитор-защищенного цефалоспорина третьего поколения [6]. За время нарастания пандемии было использовано большое количество антибактериальных препаратов широкого спектра действия, и подавляющему большинству пациентов, госпитализированных с COVID-19, эмпирическое противомикробное лечение назначалось до подтверждения ИСМП [1, 2, 7].
Такое широкое применение антибактериальных средств может в дальнейшем привести к изменению этио-логии и устойчивости к противомикробным препаратам. ИСМП у пациентов, госпитализированных с COVID-19, следует лечить в соответствии с микробиологическими данными. В настоящее время данные о патогенном спектре ИСМП на фоне COVID-19 минимальны. Можно отметить разве что исследование J. Li et al., в котором была оценена этиология ИСМП и резистентность к антибактериальным препаратам 158 штаммов патогенов у 102 пациентов [3]. Некоторые случаи бактериальных инфекций зарегистрированы в исследованиях клинических характеристик COVID-19, однако это не были систематические исследования по этиологии ИСМП и количество положительных культур в них было крайне незначительно [7–9].
С учетом широкого эмпирического применения антибактериальных препаратов у пациентов с COVID-19 имеющихся данных, указывающих на высокий уровень смертности пациентов с ИСМП, а также минимального количества работ, посвященных данному вопросу, проблема ИСМП на фоне коронавирусной инфекции — крайне актуальная тема для дальнейшего изучения.
Цель исследования — оценка этиологической структуры ИСМП и антибиотикорезистентности ее основных возбудителей на фоне COVID-19 для совершенствования практики применения антибактериальных препаратов, являющихся важным компонентом в рамках лечения COVID-19.
Методы
Дизайн исследования
Ретроспективный анализ историй болезней пациентов с установленным присоединением бактериальной инфекции на фоне COVID-19, госпитализированных в ГБУЗ «ГКБ № 4 ДЗМ» с 28 апреля по 1 ноября 2020 г.
Критерии соответствия
Наличие ИСМП фиксировалось, когда у пациента определялась совокупность клинических и лабораторных признаков (повышение прокальцитонина более 0,5 нг/мл, лейкоцитоз более 10×109/л, появление гнойной мокроты) и/или был выделен этиологически значимый патоген в ходе микробиологического исследования биоматериала (мокроты, бронхиального аспирата, крови, мочи) на фоне COVID-19 [10]. Для мокроты, бронхиального аспирата положительным результатом, в соответствии с рекомендациями центров по контролю и профилактике заболеваний США (Centers for Disease Control, CDC), считалось выделение этиологически значимого микроорганизма в концентрации более 104 КОЕ/мл, а для мочи — более 105 КОЕ/мл [11]. Также у пациентов, чьи истории подвергались анализу, должен был быть установлен диагноз COVID-19 в соответствии с Временными методическими рекомендациями Минздрава России «Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19)» (9-е изд.) [10].
Пациенты исключались из анализа, если: 1) до заражения SARS-CoV-2 у них были другие инфекционные заболевания; 2) медицинские записи были неполными. Согласно критериям, изложенным в рекомендациях Минздрава России, пациенты с установленной вторичной бактериальной инфекцией были расценены либо как тяжелые, либо как крайне тяжелые.
Условия проведения
Государственное бюджетное учреждение здравоохранения города Москвы «Городская клиническая больница № 4 Департамента здравоохранения города Москвы».
Продолжительность исследования
Данный ретроспективный анализ проводился за период с 28 апреля по 1 ноября 2020 г.
Исходы исследования
Основной исход исследования. Определение этиологической структуры нозокомиальных бактериальных инфекций, чувствительность выделенных микроорганизмов к основным группам антибиотиков.
Методы регистрации исходов
Идентификация выделенных микроорганизмов, определение чувствительности к антимикробным препаратам выполнялись в централизованной клинико-диагностической лаборатории (ЦКДЛ) Государственного бюджетного учреждения здравоохранения города Москвы «Морозовская детская городская клиническая больница Департамента здравоохранения города Москвы».
Всего исследовано 560 образцов биоматериала. От пациентов с подозрением на ИСМП исследовали кровь, мочу, отделяемое респираторного тракта (мокроту, аспираты, смывы из бронхов). Сбор биоматериалов осуществляли в стандартные одноразовые стерильные транспортные системы без транспортной среды и со средой Amies различных производителей. Биоматериалы без транспортной среды доставляли в бактериологическую лабораторию не позднее 2 ч от момента сбора, биоматериалы с транспортной средой — не позднее 24 ч от момента сбора.
Посев на питательные среды, проведение исследования, идентификация и определение чувствительности изолированных микроорганизмов проводились с использованием общепринятых методик [12, 13].
Видовая идентификация всех изолированных микроорганизмов выполнялась методом времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-ассоциированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TOF MS) с использованием системы Microflex LT и программного обеспечения MALDI Biotyper Compass 4.1.80 (Bruker Daltonics, Германия). Рекомендуемые значения Score ≥ 2,0 использовали в качестве критерия надежной видовой идентификации. Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам выполнялось методом диффузии в агар, а также на автоматических и полуавтоматических микробиологических анализаторах WalkAway 96, Vitek 2XL, Sensititre. При определении чувствительности методом диффузии в агар использовали стандартизированные коммерческие диски производства BioRad (США). При определении чувствительности автоматизированными системами использовали коммерческие панели PMIC, NMIC (Siemens Healthcare Diagnostics Inc., США), AST-N361, AST-N360, AST-P592 (BioMerieux Inc., Франция), RUSTEF, RUNBF, RUNAF, DKMGN, YO10 (Trek Diagnostic Systems Ltd., Великобритания). Исследования чувствительности методом диффузии в агар и контроль качества к нему выполняли согласно Клиническим рекомендациям от 2018 г. (КР, 2018) [14]. Контроль качества для автоматизированных систем выполняли согласно инструкции производителя. Для оценки результатов использовали пограничные значения и правила интерпретации КР от 2018 г.
Механизмы резистентности определяли фенотипическими методами: выявление бета-лактамаз расширенного спектра (БЛРС; extended spectrum beta-lactamase, ESBL) методом двойных дисков [15], продукцию карбапенемаз штаммами энтеробактерий и Pseudomonas aeruginosa — методом инактивации карбапенемов (CIM-тест) [16].
Этическая экспертиза
Не требуется в соответствии с действующей редакцией ФЗ № 61 (Федеральный закон «Об обращении лекарственных средств»).
Статистический анализ
Принципы расчета размера выборки. Использовался анализ историй болезней всех пациентов, поступивших в Государственное бюджетное учреждение здравоохранения города Москвы «Городская клиническая больница № 4 Департамента здравоохранения города Москвы» за период с 28 апреля по 1 ноября 2020 г. с направительным диагнозом COVID-19.
Методы статистического анализа данных. Описательная статистика количественных признаков представлена средними и среднеквадратическими отклонениями (в формате M±n). Для определения достоверности различий использовали непарный t-критерий (Стьюдента). Сравнение несвязанных групп по качественным признакам было проведено с помощью критерия χ2. При проверке гипотез статистически значимыми результаты считались при уровне значимости p <0,05. Полученные результаты были статистически обработаны с помощью компьютерной программы Excel (Microsoft, США).
Результаты
Объекты (участники) исследования
Источники данных: медицинские карты всех пациентов, поступивших в Государственное бюджетное учреждение здравоохранения города Москвы «Городская клиническая больница № 4 Департамента здравоохранения города Москвы» за период с 28 апреля по 1 ноября 2020 г. с направительным диагнозом COVID-19.
Из медицинских карт фиксировались параметры возраста, пола пациентов, результаты проводившихся за период госпитализации микробиологических исследований биоматериалов пациентов (мокроты, бронхиального аспирата, мочи, крови), также была проведена оценка структуры клинических исходов госпитализации (выписка/смерть) в зависимости от тяжести состояния пациентов.
В соответствии с критериями, установленными последней версией рекомендаций по лечению, профилактике и диагностике COVID-19, из 220 пациентов с установленной ИСМП 82 (37,3%) пациента были расценены как тяжелые (ЧДД > 30/мин; SpO2 ≤ 93%; PaO2/ FiO2 ≤ 300 мм рт. ст.; снижение уровня сознания, ажитация; нестабильная гемодинамика (систолическое артериальное давление (АД) менее 90 мм рт. ст. или диастолическое АД менее 60 мм рт. ст., диурез менее 20 мл/ч); изменения в легких при КТ (рентгенографии), типичные для вирусного поражения (объем поражения значительный или субтотальный; КТ 3–4); лактат артериальной крови > 2 ммоль/л; qSOFA > 2 баллов). 138 (62,7%) пациентов были расценены как крайне тяжелые (стойкая фебрильная лихорадка; ОРДС; ОДН с необходимостью респираторной поддержки (инвазивная вентиляция легких); септический шок; полиорганная недостаточность; изменения в легких при КТ (рентгенографии), типичные для вирусного поражения критической степени (объем поражения значительный или субтотальный; КТ 4)) или картина ОРДС [11]. Оценка состояния по шкале qSOFA для прогнозирования риска развития органной дисфункции и летального исхода проводилась в соответствии с пакетом критериев «Сепсис 3» (ЧДД ≥ 22 в минуту; систолическое АД ≤ 100 мм рт. ст.; уровень сознания <15 баллов по шкале Глазго) [17].
Основные результаты исследования
Доля пациентов с выявленными ИСМП составила 6,9% от общего числа госпитализированных за указанный период пациентов (220/3180). Средний возраст пациентов — 72,7±13,07 года (p > 0,05). 40% составили мужчины (88/220) и 60% — женщины (132/220) (p > 0,05). В общей сложности 50% пациентов умерли и 50% были впоследствии выписаны из стационара. Более высокий уровень смертности был отмечен в группе пациентов в крайне тяжелом состоянии (63 против 28% в группе тяжелых). При этом стоит отметить, что полученные различия по летальности между группами пациентов в тяжелом и крайне тяжелом состоянии получились статистически значимыми (p <0,001). Основная характеристика пациентов, включенных в исследование, представлена в табл. 1.
Таблица 1. Общая характеристика пациентов
Показатель | Пациенты | р | ||
Все | В тяжелом состоянии | В критическом состоянии | ||
Число пациентов, N, % | 3180 (100) | 2516 (79,1) | 664 (20,9) | p <0,001 |
Из них пациенты с ИСМП, N, (%) | 220 (100) | 82 (37,3) | 138 (62,7) | |
Возраст, лет | 64,87±14,12 | 63,2±15,74 | 71,2±12,37 | p > 0,05 |
Из них пациенты с ИСМП | 72,7±13,04 | 66,5±16,92 | 74,8±11,72 | |
Пол: | ||||
Мужчины, N, (%) | 1335 (100) | 1049 (78,6) | 286 (21,4) | p > 0,05 |
Из них пациенты с ИСМП, N, (%) | 88 (100) | 32 (36,4) | 56 (63,6) | |
Женщины, N, (%) | 1845 (100) | 1467 (79,5) | 378 (20,5) | p >0,05 |
Из них пациенты с ИСМП, N, (%) | 132 (100) | 50 (37,9) | 82 (62,1) | |
Исходы: | ||||
Выписка, N, (%) | 2983 (100) | 2471 (82,8) | 512 (17,2) | p <0,001 |
Из них пациенты с ИСМП, N, (%) | 110 (100) | 59 (53,6) | 51 (46,4) | |
Смерть, N, (%) | 197 (100) | 45 (22,8) | 152 (77,2) | p <0,001 |
Из них пациенты с ИСМП, N, (%) | 110 (100) | 23 (20,9) | 87 (79,1) | |
Примечание. ИСМП — инфекция, связанная с оказанием медицинской помощи.
В общей сложности было выявлено 560 этиологически значимых микроорганизмов, причем 58,9% из них являлись грамотрицательными, а 41,1% — грамположительными (в 2019 г. доля выявленных грамотрицательных микроорганизмов составила 74,4%, грамположительных — 25,6%; p <0,001).
Таблица 2. Сравнительная характеристика этиологической структуры ИСМП, n (%)
Патоген | Текущее исследование | Аналогичный период 2019 г. | p |
Всего | 560 (100) | 624 (100) | |
Гр– | 330 (58,9) | 464 (74,4) | p <0,001 |
A. baumannii | 132 (23,6) | 120 (19,2) | p >0,05 |
K. pneumoniae | 128 (22,9) | 212 (34) | p <0,001 |
P. aeruginosa | 34 (6) | 64 (10,3) | p <0,02 |
E. coli | 28 (5) | 24 (3,9) | p >0,05 |
S. maltophilia | 8 (1,4) | — | p <0,01 |
P. mirabilis | — | 44 (7) | p <0,001 |
Гр+ | 230 (41,1) | 160 (25,6) | p <0,001 |
S. aureus | 28 (5) | 76 (12,1) | p <0,001 |
S. epidermidis | 58 (10,4) | 20 (3,2) | p <0,001 |
S. haemolyticus | 32 (5,7) | 16 (2,6) | p <0,01 |
S. hominis | 30 (5,4) | — | p <0,001 |
E. faecium | 36 (6,4) | 20 (3,2) | p <0,02 |
E. faecalis | 46 (8,2) | 28 (4,5) | p <0,01 |
Примечание. ИСМП — инфекция, связанная с оказанием медицинской помощи.
В этиологической структуре ИСМП среди грам-отрицательных возбудителей преобладали A. baumanii и K. pneumoniae. В сравнении с аналогичным периодом 2019 г. наблюдалось сокращение долей K. pneumoniae с 34 до 22,9% (p <0,001) и P. aeruginosa — с 10,3 до 6% (p <0,02).
Среди выделенных грамположительных возбудителей преобладали S. epidermidis, E. faecalis и E. faecium. В сравнении с аналогичным периодом 2019 г. наблюдалось увеличение долей S. epidermidis с 3,2 до 10,4% (p <0.001); E. faecalis — с 4,5 до 8,2% (p <0,01); E. faecium — с 3,2 до 6,4% (p <0,02); S. haemolyticus — с 2,6 до 5,7% (p <0,01). Также было выявлено снижение доли S. aureus с 12,1 до 5% (p <0,001).
Полная характеристика этиологической структуры ИСМП представлена в табл. 2 в сравнении с данными, полученными в этом же стационаре за аналогичный период 2019 г.
Доля карбапенем-резистентных штаммов A. baumannii составила 97%. Было выявлено снижение резистентности к гентамицину с 90 до 77,3% (p <0,05) и к цефоперазону/ сульбактаму — с 53,3 до 37,9% (p <0,05). Среди штаммов K. pneumoniae уровень резистентности к карбапенемам составил 77,4% к меропенему и 54% к имипенему. Было выявлено повышение резистентности к амикацину с 37,7 до 50,8% (p <0,05) и снижение резистентности к фосфомицину с 79,6 до 62,9% (p <0,05), а также снижение доли карбапенемазопродуцирующих штаммов K. pneumoniae с 69,8 до 31,2% (p <0,05).
Уровень ванкомицин-резистеных штаммов E. faecium составил 50%. Было выявлено увеличение доли ванкомицин-резистентных штаммов E. faecalis с 0% в 2019 г. до 13,3% в текущем исследовании (p <0,05). Было выявлено снижение доли метициллин-резистентных штаммов S. aureus c 68,4 до 38,5% (p <0,05) и повышение доли метициллин-резистентных штаммов S. haemolyticus с 50 до 100% (p <0,05). 100% грамположительных микроорганизмов были чувствительны к даптомицину.
Таблица 3. Антибиотикорезистентность выделенных грамотрицательных микроорганизмов, %
Антибиотик | Частота выделения | |||||||
A. baumannii | K. pneumoniae | P. aeruginosa | E. coli | |||||
2020 (n=132) | 2019 (n=120) | 2020 (n=128) | 2019 (n=212) | 2020 (n=34) | 2019 (n=64) | 2020 (n=28) | 2019 (n=24) | |
Азтреонам | — | — | 94,5 | 92,5 | 88,2 | 87,5 | 79,8* | 50 |
Амикацин | — | — | 50,8* | 37,7 | 88,2 | 81,2 | 32,1 | 16,7 |
Ампициллин/сульбактам | — | — | 97,7 | 100 | — | — | 79,8* | 16,7 |
Гентамицин | 77,3* | 90 | 58,6 | 51 | 88,2 | 81,2 | 53,6* | 16,7 |
Колистин | 0 | 0,8 | 2,3 | 0,5 | 0 | 1,5 | 0 | 0 |
Имипенем | 97 | 100 | 54 | 56,4 | 70,6* | 100 | 17,8* | 0 |
Меропенем | — | — | 77,4 | 73,6 | 76,4* | 100 | 17,8 | 33,3 |
Левофлоксацин | — | — | — | — | — | — | 50* | 83,3 |
Ципрофлоксацин | 98,5 | 100 | 95,3 | 94,3 | 91,2* | 100 | 57,1* | 83,3 |
Пиперациллин/тазобактам | — | — | — | — | 88,2 | 93,7 | 60,8 | 83,3 |
Тигециклин | — | — | 4 | 3,3 | — | — | 0 | 0 |
Триметоприм/сульфаметоксазол | 97* | 90 | 64,9 | 66 | — | — | 78,6* | 33,3 |
Цефепим | — | — | 96,8 | 96,2 | 85,3 | 93,7 | 85,7* | 33,3 |
Цефоперазон/сульбактам | 37,9* | 53,3 | 93 | 88,7 | 70,6* | 87.5 | 28,5* | 0 |
Цефтазидим | — | — | 96,8 | 96,2 | 88,2 | 93,7 | 82,1* | 33,3 |
Фосфомицин | — | — | 62,9* | 79,6 | — | — | 0* | 0 |
ESBL-продуценты | — | — | 96,8 | 96,2 | — | — | 82,1* | 33,3 |
Карбапенемазы | — | — | 31,2* | 69,8 | 29,4 | 43,75 | — | — |
* — различия между группами статистически значимы (p <0,05).
Результаты определения устойчивости к противомикробным препаратам основных грамотрицательных и грамположительных возбудителей, а также наличие или отсутствие статистически значимых различий между данными, полученными во время пандемии COVID-19 в 2020 г. и за аналогичный период 2019 г., приведены в табл. 3 и 4 соответственно.
Таблица 4. Антибиотикорезистентноть выделенных грамположительных микроорганизмов, %
Антибиотик | Частота выделения | |||||||||
S. aureus | S. epidermidis | S. haemolyticus | E. faecium | E. faecalis | ||||||
2020 (n=26) | 2019 (n=76) | 2020 (n=58) | 2019 (n=20) | 2020 (n=32) | 2019 (n=16) | 2020 (n=36) | 2019 (n=20) | 2020 (n=30) | 2019 (n=28) | |
Триметоприм/сульфаметоксазол | 0 | 5,3 | 34,5 | 20 | 59,5* | 25 | — | — | — | — |
Линезолид | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 8,3 | 0 | 3,3 | 0 |
Гентамицин | 23,1* | 57,9 | 50* | 0 | 62,5* | 100 | 55,5 | 33,3 | 36,7 | 50 |
Ванкомицин | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 50 | 40 | 13,3* | 0 |
Левофлоксацин | 42,3* | 64,7 | 81 | 70 | 87,5* | 50 | 97,2* | 80 | 56,7 | 71,4 |
Даптомицин | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
Ципрофлоксацин | 38,5* | 70,6 | 77,5 | 80 | 84,4 | 75 | 97,2* | 80 | 53,3 | 75 |
Оксациллин | 38,5* | 68,4 | 89,5* | 20 | 100* | 50 | — | — | — | — |
Тигециклин | 0* | 0 | 0* | 0 | 0* | 0 | 0* | 0 | 0* | 0 |
Клиндамицин | 38,5* | 63,2 | 63,8* | 20 | 46,9 | 50 | — | — | — | — |
* — различия между группами статистически значимы (p <0,05).
Обсуждение
Резюме основного результата исследования
По результатам проведенного анализа установлено, что ИСМП может быть рассмотрена как фактор, способствующий повышению уровня летальности у пациентов на фоне COVID-19. Было выявлено преобладание грам-отрицательной флоры с высоким профилем резистентности для основных выявленных патогенов.
Обсуждение основного результата исследования
По результатам проведенного анализа частота встречаемости ИСМП у пациентов, госпитализированных с COVID-19, составила 6,9% (220/3180). Для сравнения: в аналогичном исследовании J. Li et al. этот же показатель составил 6,8% (102/1495) [3]. В ретроспективном когортном исследовании, выполненном С. Garcia-Vidal et al., доля выявленных ИСМП на фоне COVID-19 составила 4% от общего числа госпитализированных пациентов (43/989) [18]. ИСМП чаще встречались в группе пациентов, находящихся в критическом состоянии (66,7 против 33,3% в группе тяжелых), что соответствует более высокой частоте установки центрального венозного катетера и необходимости в проведении механической вентиляции легких в данной группе [1]. Общая смертность пациентов с ИСМП составила 50%, аналогично исследованию J. Li et al. (49%) [3]. Причем группа пациентов в критическом состоянии значительно превосходила группу пациентов в тяжелом состоянии (63 против 28%), что можно объяснить тем, что ведущей причиной смерти от коронавирусной инфекции является дыхательная недостаточность, требующая проведения искусственной вентиляции легких (фактор риска развития ИСМП) [19, 20]. Также важно упомянуть, что общая смертность среди всех пациентов, включенных в данный ретроспективный анализ, составила 6,2% (197/3180). При этом на группу пациентов с ИСМП пришлось 55,9% от общего числа летальных исходов. Различия в показателях летальности у пациентов с ИСМП и без таковых статистически значимы (p <0,001). Схожие данные были получены в ходе крупного ретроспективного исследования, выполненного S. Vijay et al., по результатам которого было установлено, что летальность среди пациентов с ИСМП составила 56,7 против 10,6% среди всех госпитализированных пациентов с COVID-19 [21]. Стоит отметить, что влияние ИСМП на тяжесть течения коронавирусной инфекции и риск неблагоприятного исхода также подтверждается результатами проспективного обсервационного исследования Т.В. Клыпы и соавт., в ходе которого были выявлены предикторы тяжелого течения пневмонии (в том числе ИСМП) у пациентов с COVID-19, госпитализированных в отделение реанимации и интенсивной терапии [22]. Статистически значимой взаимосвязи риска смерти у пациентов с нозокомиальными бактериальными инфекциями на фоне COVID-19 и без них с полом и возрастом выявлено не было.
Основным очагом инфекций были легкие (58,8% выявленных патогенов), что может быть связано со снижением защитной функции дыхательных путей после заражения вирусом SARS-CoV-2 [23]. Из мочи и крови было выделено 21 и 20,2% патогенов соответственно.
В этиологической структуре возбудителей ИСМП преобладала грамотрицательная флора (58,9% от общего числа). Эти данные несколько отличаются от тех, что были получены в этом же стационаре за аналогичный период в 2019 г., когда также было отмечено преобладание грамотрицательных патогенов, но с большим перевесом (74,4 на 25,6%). Одновременно были установлены различия в уровне выявления ключевых микроорганизмов. Наиболее актуальными патогенами как в 2019, так и в 2020 г. были K. pneumoniae и A. baumanii, однако стоит отметить, что в 2019 г. K. pneumoniae была абсолютным лидером среди других патогенов — на ее долю пришлось более трети от всех выявленных микроорганизмов (34%). Уровень выявления A. baumanii составил 19,2%. В данном же исследовании частота выделения штаммов K. pneumoniae и A. baumanii была практически одинакова и составила 22,9 и 23,6% соответственно. Стоит отметить, что изменения уровня выявления K. pneumoniae получились статистически значимыми (p <0,001), тогда как в отношении изменения частоты выявления A. baumanii статистически значимых различий выявлено не было (p > 0,05). Относительно других грамотрицательных патогенов также прослеживается разнонаправленная динамика. Доля P. aeruginosa упала с 10,3% в 2019 г. до 6% в текущем исследовании (p <0,02), а уровень E. coli остался примерно на том же уровне.
В отношении антибиотикорезистентности стоит отметить в целом высокий уровень устойчивости микроорганизмов, выделенных от пациентов с ИСМП, к антибактериальным препаратам и преобладание полирезистентных штаммов. Обращает на себя внимание крайне высокая доля карбапенем-резистентных штаммов A. baumanii (97%). При этом более низкая устойчивость определялась в отношении цефоперазона/сульбактама (37,9%) и гентамицина (77,3%). Необходимо отметить, что текущие показатели антибиотикорезистентности получились ниже, чем за аналогичный период 2019 г. (53,3 и 90% соответственно), и разница между показателями статистически значима (p <0,02 для цефоперазона/сульбактама и p <0,01 для гентамицина). Уровень резистентности к карбапенемам также оказался высоким среди штаммов K. pneumoniae. Показатели устойчивости составили 77,4% для меропенема и 54% для имипенема, причем было выявлено 31,2% карбапенемазопродуцирующих штаммов K. pneumoniae. По сравнению с 2019 г. резистентность данного микроорганизма к карбапенемам осталась практически на том же уровне.
Вместе с тем по уровню выявления штаммов, продуцирующих карбапенемазы, можно отметить ярко выраженное статистически значимое снижение доли последних в общей структуре штаммов K. pneumoniae — в 2019 г. данный показатель составил 69,8% (p <0,001). Такая динамика может быть связана с функционированием различных механизмов резистентности у штаммов K. pneumoniae. Стоит также отметить более низкую резистентность к аминогликозидам (58,6% для гентамицина и 50,8% для амикацина) в сравнении с резистентностью к карбапенемам. При этом стоит упомянуть, что за аналогичный период 2019 г. данные показатели были ниже (51,0 и 37,7% соответственно), и в отношении амикацина были получены статистические значимые изменения устойчивости в сторону ее роста (p <0,02). Доля резистентных штаммов к тигециклину составила 4%, к колистину — 2,3%, что выше, чем аналогичные показатели за тот же период 2019 г., когда данные показатели составили 3,3 и 0,5% соответственно, однако статистически значимых изменений зафиксировано не было. Для P. aeruginosa доля штаммов, продуцирующих карбапенемазы, — 29,4%. За аналогичный период 2019 г. данный показатель составил 43,75%, но статистически значимых различий выявлено не было. Обращает на себя внимание крайне высокий рост доли ESBL-продуцирующих штаммов E. coli — если в 2019 г. данный показатель составил 33,3%, то в 2020-м он вырос до 82,1% (p <0,001).
В группе грамположительных патогенов стоит отметить высокий (50%) уровень выявления ванкомицин-резистентных штаммов E. faecium. Данный показатель несколько возрос по сравнению с аналогичным периодом 2019 г. (тогда он составлял 40%), однако статистически значимых различий получено не было. Также стоит упомянуть, что в данном исследовании отмечается появление ванкомицин-резистентных штаммов E. faecalis (13,3%), при этом за аналогичный период 2019 г. таких штаммов выявлено не было (p <0,05). Кроме того, зафиксирован высокий уровень распространенности метициллин-резистентных штаммов стафилококков (38,5% — для S. aureus; 89,5% — для S. epidermidis и 100% — для S. haemolyticus). По сравнению с аналогичным периодом 2019 г. прослеживается разнонаправленная динамика. Так, для S. aureus частота выявления метициллин-резистентных штаммов составила 68,4%, для S. epidermidis — 20%, для S. haemolyticus — 50%. Для всех трех патогенов изменение доли метициллин-резистентных штаммов был статистически значимыми (p <0,01 — для S. aureus; p <0,001 — для S. epidermidis и p <0,001 — для S. haemolyticus).
Отдельно также стоит отметить, что у 109 пациентов ИСМП определялась как микст-инфекция. При этом у 45 из них (20,5% от общего числа включенных в исследование пациентов) было выделено 2 патогена, а у 64 (29,1%) пациентов — 3 и более микроорганизмов.
Ограничения исследования
Результаты проведенного ретроспективного анализа были получены с учетом локального микробиологического пейзажа, который может отличаться для каждого конкретного стационара.
Заключение
ИСМП — серьезное осложнение у пациентов, госпитализированных с коронавирусной инфекцией, и может быть одним из факторов, ассоциированных с высоким уровнем летальности. Особенно проблема нозокомиальных бактериальных инфекций актуальна для пациентов, находящихся в критическом состоянии, для которых они могут быть дополнительным предиктором неблагоприятного прогноза. Показатели резистентности ключевых выделенных бактериальных патогенов, в частности A. baumanii и K. pneumoniae, были достаточно высокими, что указывает на важность проведения регулярного микробиологического мониторинга для более точного использования антибактериальных средств у пациентов, госпитализированных с COVID-19.
Дополнительная информация
Источник финансирования. Исследования выполнены, рукопись подготовлена и публикуется за счет финансирования по месту работы авторов.
Конфликт интересов. Авторы данной статьи подтвердили отсутствие конфликта интересов, о котором необходимо сообщить.
Участие авторов. К.И. Карноух — разработка концепции и дизайна исследования, получение данных для анализа, анализ полученных данных, написание текста рукописи; В.Н. Дроздов — прочтение и одобрение направления ру- кописи на публикацию; Е.В. Ших — прочтение и одобрение направления рукописи на публикацию; С.В. Жилина — редактирование текста рукописи, научная консультация; Н.Б. Лазарева — разработка концепции и дизайна исследования, редактирование текста рукописи, научная консультация, общее руководство процессом проведения исследования. Все авторы внесли значимый вклад в проведение исследования, подготовку статьи, прочли и одобрили финальную версию перед публикацией.
Об авторах
Константин Игоревич Карноух
Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова (Сеченовский университет)
Email: ComeFl@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-2660-7583
Scopus Author ID: 57208185271
Аспирант кафедры клинической фармакологии и пропедевтики внутренних болезней
Россия, 119991,Москва, улица Трубецкая, д.8, строение 2Владимир Николаевич Дроздов
Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова (Сеченовский университет)
Email: vndrozdov@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-0535-2916
SPIN-код: 8061-9382
Доктор медицинских наук, профессор кафедры клинической фармакологии и пропедевтики внутренних болезней
Россия, 119991, Москва, улица Трубецкая, д.8, строение 2Евгения Валерьевна Ших
Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова (Сеченовский университет)
Email: chih@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6589-7654
SPIN-код: 2397-8414
Доктор медицинских наук, профессор, заведующая кафедрой клинической фармакологии и пропедевтики внутренних болезней
Россия, 119991, Москва, улица Трубецкая, д.8, строение 2Светлана Владимировна Жилина
Морозовская детская городская клиническая больница
Email: svzhilin@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-0084-1013
SPIN-код: 4910-5125
Кандидат медицинских наук, руководитель группы микробиологических исследований клинико-диагностической лаборатории
Россия, 119049, Москва, 4-й Добрынинский переулок, дом 1, строение 9Наталья Борисовна Лазарева
Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова (Сеченовский университет)
Автор, ответственный за переписку.
Email: natalia.lazareva@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6528-1585
SPIN-код: 5333-6239
Доктор медицинских наук, профессор кафедры клинической фармакологии и пропедевтики внутренних болезней
Россия, 119991, Москва, улица Трубецкая, д.8, строение 2Список литературы
- Huang C, Wang Y, Li X, et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet. 2020;395(10223):497–506. doi: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30183-5
- Zhou F, Yu T, Du R, et al. Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: A retrospective cohort study. Lancet. 2020;395(10229):1054–1062. doi: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30566-3
- Li J, Wang J, Yang Y, et al. Etiology and antimicrobial resistance of secondary bacterial infections in patients hospitalized with COVID-19 in Wuhan, China: A retrospective analysis. Antimicrob Resist Infect Control. 2020;9(1):153. doi: https://doi.org/10.1186/s13756-020-00819-1
- Alhazzani W, Møller MH, Arabi YM, et al. Surviving Sepsis Campaign: Guidelines on the Management of Critically Ill Adults with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Crit Care Med. 2020;48(6):e440–e469. doi: https://doi.org/10.1097/CCM.0000000000004363
- Jin Y-H, Cai L, Cheng Z-S, et al. A rapid advice guideline for the diagnosis and treatment of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infected pneumonia (standard version). Mil Med Res. 2020;7(1):4. doi: https://doi.org/10.1186/s40779-020-0233-6
- Song J-C, Wang G, Zhang W, et al. Chinese expert consensus on diagnosis and treatment of coagulation dysfunction in COVID-19. Mil Med Res. 2020;7(1):19. doi: https://doi.org/10.1186/s40779-020-00247-7
- Wang Z, Yang B, Li Q, et al. Clinical Features of 69 Cases with Coronavirus Disease 2019 in Wuhan, China. Clin Infect Dis. 2020;71(15):769–777. doi: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa272
- Chen N, Zhou M, Dong X, et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: A descriptive study. Lancet. 2020;395(10223):507–513. doi: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30211-7
- Goyal P, Choi JJ, Pinheiro LC, et al. Clinical Characteristics of COVID-19 in New York City. N Engl J Med. 2020;382(24):2372–2374. doi: https://doi.org/10.1056/NEJMc2010419
- Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19): Временные методические рекомендации Минздрава России, версия 9 от 26.10.2020. [Profilaktika, diagnostika i lecheniye novoy koronavirusnoy infektsii (COVID-19): Vremennyye metodicheskiye rekomendatsii Minzdrava Rossii, versiya 9 ot 26.10.2020. (In Russ.)] Available at: https://static-0.minzdrav.gov.ru/system/attachments/attaches/000/052/548/original/%D0%9C%D0%A0_COVID-19_%28v.9%29.pdf?1603730062 (аccessed: 26.03.2021).
- Horan TC, Andrus M, Dudeck MA. CDC/NHSN surveillance definition of health care-associated infection and criteria for specific types of infections in the acute care setting. Am J Infect Control. 2008;36(5):309–332. doi: https://doi.org/10.1016/j.ajic.2008.03.002
- Jorgensen JH, Pfaller MA, Carroll KC, et al. Manual of clinical microbiology. 11th ed. Washington, DC: ASM Press; 2015.
- Leber, Amy L (ed.). Clinical Microbiology Procedures Handbook. 4th ed. Washington, DC: ASM Press; 2016.
- Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам: Клинические рекомендации Межрегио-нальной ассоциации по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии, 2018. [Opredelenie chuvstvitel’nosti mikroorganizmov k antimikrobnym preparatam: Klinicheskie rekomendacii of Mezhregional’naja associacija po klinicheskoj mikrobiologii i antimikrobnoj himioterapii, 2018. (In Russ.)] Available at: https://www.antibiotic.ru/files/321/clrec-dsma2018.pdf (accessed: 26.03.2021).
- EUCAST guidelines for detection of resistance mechanisms and specific resistances of clinical and/or epidemiological importance. Ver. 2.0. 2017. Available at: www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/Resistance_mechanisms/EUCAST_detection_of_resistance_mechanisms_170711.pdf (accessed: 24.06.2019).
- Van der Zwaluw K, de Haan A, Pluister GN, et al. The carbapenem inactivation method (CIM), a simple and low-cost alternative for the Carba NP test to assess phenotypic carbapenemase activity in gram-negative rods. PLoS One. 2015;10(3):e0123690. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0123690
- Seymour CW, Liu VX, Iwashyna TJ, et al. Assessment of Clinical Criteria for Sepsis: For the Third International Consensus Definitions for Sepsis and Septic Shock (Sepsis-3). JAMA. 2016;315(8):762–774. doi: https://doi.org/10.1001/jama.2016.0288
- Garcia-Vidal C, Sanjuan G, Moreno-García E, et al. Incidence of co-infections and superinfections in hospitalized patients with COVID-19: A retrospective cohort study. Clin Microbiol Infect. 2021;27(1):83–88. doi: https://doi.org/10.1016/j.cmi.2020.07.041
- Li X, Wang L, Yan S, et al. Clinical characteristics of 25 death cases with COVID-19: A retrospective review of medical records in a single medical center, Wuhan, China. Int J Infect Dis. 2020;94:128–132. doi: https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.03.053
- Ali S, Birhane M, Bekele S, et al. Healthcare associated infection and its risk factors among patients admitted to a tertiary hospital in Ethiopia: Longitudinal study. Antimicrob Resist Infect Control. 2018;7:2. doi: https://doi.org/10.1186/s13756-017-0298-5
- Vijay S, Bansal N, Rao BK, et al. Secondary Infections in Hospitalized COVID-19 Patients: Indian Experience. Infect Drug Resist. 2021;14:1893–1903. doi: https://doi.org/10.2147/IDR.S299774
- Клыпа Т.В., Бычинин М.В., Мандель И.А., и др. Клиническая характеристика пациентов с COVID-19, поступающих в отделение интенсивной терапии. Предикторы тяжелого течения // Клиническая практика. — 2020. — Т. 11. — № 2. — С. 6–18. [Klypa TV, Bychinin MV, Mandel IA, et al. Clinical Characteristics of Patients Admitted to an ICU with COVID-19. Predictors of the Severe Disease. Journal of Clinical Practice. 2020;11(2):6–20. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.17816/clinpract34182
- Qin C, Zhou L, Hu Z, et al. Dysregulation of Immune Response in Patients with Coronavirus 2019 (COVID-19) in Wuhan, China. Clin Infect Dis. 2020;71(15):762–768. doi: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa248
Дополнительные файлы
