Annals of the Russian academy of medical sciencesAnnals of the Russian academy of medical sciencesВестник Российской академии медицинских наук0869-60472414-3545"Paediatrician" Publishers LLC38610.15690/vramn.v69i9-10.1129MICROBIOLOGY: CURRENT ISSUESАКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ МИКРОБИОЛОГИИMOLECULAR GENETIC IDENTIFICATION OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS STRAIN, CAUSED A FOODBORNE ILLNESS OUTBREAK IN ST. PETERSBURG IN 2013МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ ШТАММА STAPHYLOCOCCUS AUREUS — ВОЗБУДИТЕЛЯ ПИЩЕВОЙ ТОКСИКОИНФЕКЦИИ ПРИ ВСПЫШКЕ В САНКТ-ПЕТЕРБУРГЕ В 2013 Г.OnishchenkoG. G.ОнищенкоГ. Г.
Russian Federation

доктор медицинских наук, профессор, академик РАН, заслуженный врач Россий- ской Федерации, помощник Председателя Правительства РФ Адрес: 127994, Москва, Вадковский пер., д. 18, стр. 5 и 7, тел.: +7 (499) 973-26-90

depart@gsen.ruAbaevI. V.АбаевИ. В.
Russian Federation

кандидат медицинских наук, ведущий научный сотрудник лаборатории антимикробных препаратов ФБУН ГНЦ ПМБ Адрес: 142279, Московская обл., Серпуховский р-н, пос. Оболенск, тел.: +7 (496) 736-01-47

abaev@obolensk.orgDyatlovI. A.ДятловИ. А.
Russian Federation

доктор медицинских наук, профессор, член-корреспондент РАМН, директор ФБУН ГНЦ ПМБ Адрес: 142279, Московская обл., Серпуховский р-н, пос. Оболенск, тел.: +7 (496) 736-00-03

dyatlov@obolensk.orgSkryabinYu. P.СкрябинЮ. П.
Russian Federation

младший научный сотрудник лаборатории антимикробных препаратов ФБУН ГНЦ ПМБ Адрес: 142279, Московская обл., Серпуховский р-н, пос. Оболенск, тел.: +7 (496) 736-01-47

sjurikp@gmail.comKorobovaO. V.КоробоваО. В.
Russian Federation

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории биологических испытаний ФБУН ГНЦ ПМБ Адрес: 142279, Московская обл., Серпуховский р-н, пос. Оболенск, тел.: +7 (496) 736-01-47

o.v.korobova@yandex.ruSolov'evP. V.СоловьёвП. В.
Russian Federation

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела иммунобиохимии патогенных микроорганизмов ФБУН ГНЦ ПМБ Адрес: 142279, Московская обл., Серпуховский р-н, пос. Оболенск, тел.: +7 (496) 736-00-63

solo103@mail.ruBogunA. G.БогунА. Г.
Russian Federation

кандидат биологических наук, заведующий отделом коллекционных культур ФБУН ГНЦ ПМБ Адрес: 142279, Московская обл., Серпуховский р-н, пос. Оболенск, тел.: +7 (496) 736-00-00

bogun62@mail.ruRussian Government, Moscow, Russian FederationПравительство Российской Федерации, Москва, Российская ФедерацияState Research Center for Applied Microbiology and Biotechnology (SRCAMB), Obolensk, Russian FederationГНЦ прикладной микробиологии и биотехнологии, Оболенск, Российская Федерация20102014699-10Vestnik Rossiiskoi akademii medetsinskikh nauk / Annals of the Russian academy of medical sciencesВестник Российской академии медицинских наук333807082015Copyright ©; 1970, "Paediatrician" Publishers LLCCopyright ©; 1970, Издательство "Педиатръ"1970"Paediatrician" Publishers LLCИздательство "Педиатръ"https://vestnikramn.spr-journal.ru/jour/article/view/386

Background: Staphylococcus aureus is one of the most important human pathogens and causes over 100 nosological forms of diseases. The lack of data on the spread of S. aureus genetic types specific for different forms of staphylococcal infections in Russia makes it difficult to timely identify and control strains of this epidemiologically dangerous bacterial pathogen. Objective: The aim of the study was to carry out a molecular genetic research of S. aureus isolates obtained during a widespread foodborne illness outbreak among builders at the Pulkovo airport in St. Petersburg in 2013. Methods: The ability of the isolates to produce staphylococcal enterotoxins was studied by immunoenzyme techniques. Gene typing was carried out by sequence-specific primer-based PCR, as well as by sequencing genomic nucleotide sequences of two independent isolates of the pathogen. Results: An enterotoxin A gene in genomes of S. aureus isolates etiologically associated with the outbreak was identified. The production of enterotoxin A by the isolates was shown. According to the complex analysis all isolates producing staphylococcal enterotoxins were identical and constituted the S. aureus strain, sequence-type ST30 and spa-type t2509. The genome of the identified S. aureus strain carried a set of various staphylococcal toxins. The full genome sequence among other techniques revealed high levels of similarity between genomes of the strain under study and well-known reference strain S aureus MRSA 252. Conclusion: The complete molecular genetic study of the S. aureus strain involved into the widespread foodborne illness outbreak was first carried out in Russia, allowing of further using the strain as a Russian reference strain to study potential epidemic outbreaks in the Russian Federation.

Актуальность: Staphylococcus aureus является одним из важнейших возбудителей инфекций человека и вызывает более 100 нозологических форм заболеваний. Отсутствие данных о распространении в регионах Российской Федерации генетических типов S. aureus, характерных для различных форм стафилококковой инфекции, затрудняет своевременную идентификацию и локализацию штаммов этого опасного в эпидемиологическом плане бактериального возбудителя. Цель исследования: провести молекулярно-генетическое исследование изолятов S. aureus, выделенных при массовой вспышке пищевой токсикоинфекции среди рабочих-строителей в аэропорту Пулково, Санкт-Петербург в 2013 г. Методы: способность изолятов S. aureus к продукции стафилококковых энтеротоксинов определяли иммуноферментными методами. Генотипирование проводили с помощью полимеразной цепной реакции со специфическими олигонуклеотидными праймерами и методом секвенирования нуклеотидных последовательностей геномов двух независимых изолятов возбудителя. Результаты: в геномах изолятов S. aureus, этиологически связанных со вспышкой, показано наличие гена энтеротоксина А. Была продемонстрирована продукция энтеротоксина А изолятами S. aureus. По результатам комплексного анализа, все изоляты S. aureus, продуцирующие стафилококковые энтеротоксины, идентичны и представляют собой штамм S. aureus, сиквенс-тип ST30 и spa-тип t2509. Геном идентифицированного штамма S. aureus несет набор различных стафилококковых токсинов. Полногеномное секвенирование, наряду с другими методами исследования, показало высокую степень гомологии генома исследуемого штамма c геномом известного референтного штамма S. aureus MRSA252. Выводы: в Российской Федерации впервые проведено полное молекулярно-генетическое исследование штамма S. aureus, вызвавшего массовую вспышку пищевой токсикоинфекции, что позволяет в дальнейшем использовать его в качестве типового российского штамма при анализе эпидемических вспышек в России.

Staphylococcus aureusfoodborne illnessstaphylococcal enterotoxin AgenotypingStaphylococcus aureusпищевые токсикоинфекциистафилококковый энтеротоксин Агенотипирование1. Lowy F.D. Staphylococcus aureus infections. N. Engl. J. Med. 1998; 339 (8): 520–532.2. Wehrhahn M.C., Robinson J.O., Pascoe E.M., Coombs G.W., Pearson J.C., O’Brien F.G. et al. Illness severity in community-onset invasive Staphylococcus aureus infection and the presence of virulence genes. J. Infect. Dis. 2012; 205 (12): 1840–1888.3. МУК № 4.2.1890-04. Метод. указания. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам. М. 2004.4. Zhang K., Sparling J., Chow B.L., Elsayed S., Hussain Z., Church D.L. et al. New quadriplex PCR assay for detection of methicillin and mupirocin resistance and simultaneous discrimination of Staphylococcus aureus from coagulase-negative staphylococci. J. Clin. Microbiol. 2004; 42 (11): 4947–4955.5. Hookey J.V., Richardson J.F., Cookson B.D. Molecular typing of Staphylococcus aureus based on PCR restriction fragment length polymorphism and DNA sequence analysis of the coagulase gene. J. Clin. Microbiol. 1998; 36 (4): 1083–1089.6. Schouls L.M., Spalburg E.C., van Luit M., Huijsdens X.W., Pluister G.N., van Santen-Verheuvel M.G. et al. Multiple-locus variable number tandem repeat analysis of Staphylococcus aureus: comparison with pulsed-field gel electrophoresis and spa-typing. PLoS ONE. 2009; 4 (4): 5082.7. Gilot P., Lina G., Cochard T., Poutrel B. Analysis of the genetic variability of genes encoding the RNA III-activating components Agr and TRAP in a population of Staphylococcus aureus strains isolated from cows with mastitis. J. Clin. Microbiol. 2002; 40 (11): 4060–4067.8. Makgotlho P.E., Kock M.M., Hoosen A., Lekalakala R., Omar S., Dove M. Ethlers M.M. Molecular identification and genotyping of MRSA isolates. FEMS Immun. Med. Microbiol. 2009; 57 (2): 104–115.9. Takano T., Higuchi W., Otsuka T., Baranovich T., Enany S., Saito K. et al. Novel characteristics of community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains belonging to multilocus sequence type 59 in Taiwan. Antimicrob. Agents Chemother. 2008; 52 (3): 837–845.10. Fei W., Hongjun Y., Hong-bin H., Changfa W., Yundong G., Qifeng Z. et al. Study on the hemolysin phenotype and the genetype distribution of Staphylococcus aureus caused bovine mastitis in Shandong dairy farms. Intern. J. Appl. Res. Vet. Med. 2011; 9 (4): 416–421.11. Mehrotra M., Wang G., Johnson W.M. Multiplex PCR for detection of genes for Staphylococcus aureus enterotoxins, exfoliative toxins, toxic shock syndrome toxin 1, and methicillin resistance. J. Clin. Microbiol. 2000; 38 (3): 1032– 1035.12. Xie Y., He Y., Gehring A., Hu Y., Li Q., Tu S-I., Shi X. Genotypes and toxin gene profiles of Staphylococcus aureus clinical isolates from China. PLoS One. 2011; 6 (12): 28276.13. Okuma K., Iwakawa K., Turnidge J.D., Grubb W.B., Bell J.M., O’Brien F.G. et al. Dissemination of new methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones in the community. J. Clin. Microbiol. 2002; 40 (11): 4289–4294.14. Ko K.S., Lee J.Y., Baek J.Y., Peck K.R., Rhee J.Y., Kwon K.T. et al. Characterization of Staphylococcus aureus Nasal Carriage from Children Attending an Outpatient Clinic in Seoul, Korea. Microbial. Drug. Resistance. 2008; 14 (1): 37–44.15. Rolo J., Miragaia M., Turlej-Rogacka A., Empel J., Bouchami O., Faria N.A., Tavares A., Hryniewicz W., Fluit A.C., de Lencastre H. CONCORD Working Group. High genetic diversity among community-associated Staphylococcus aureus in Europe: results from a multicenter study. PLoS One. 2012; 7 (4): 34768.16. Yan X., Wang B., Tao X., Hu Q., Cui Z., Zhang J. et al. Char-acterization of Staphylococcus aureus strains associated with food poisoning in Shenzhen, China. Appl. Environ. Microbiol. 2012; 78 (18): 6637–6642.17. Suzuki Y., Omoe K., Hu D.L., Sato’o Y., Ono H.K., Monma C. et al. Molecular epidemiological characterization of Staphylococcus aureus isolates originating from food poisoning outbreaks that occurred in Tokyo, Japan. Microbiol. Immunol. 2014; 58 (10): 570–580.18. Argudín M.A., Mendoza M.C., González-Hevia M.A., Bances M., Guerra B., Rodicio M.R. Genotypes, exotoxin gene content, and antimicrobial resistance of Staphylococcus aureus strains recovered from foods and food handlers. Appl. Environ. Microbiol. 2012; 78 (8): 2930–2935.