Annals of the Russian academy of medical sciencesAnnals of the Russian academy of medical sciencesВестник Российской академии медицинских наук0869-60472414-3545"Paediatrician" Publishers LLC212110.15690/vramn2121INFECTIOUS DISEASES: CURRENT ISSUESАКТУАЛЬНЫЕ ВОПРОСЫ ИНФЕКЦИОННЫХ БОЛЕЗНЕЙResearch ArticleCOVID-19 in Russia: Epidemiology and Molecular Genetic MonitoringCOVID-19 в России: эпидемиология и молекулярно-генетический мониторингhttps://orcid.org/0000-0003-4228-90444038-7455AkimkinVasily G.АкимкинВасилий Геннадьевич
Russian Federation

MD, PhD, Professor, Academician of the RAS

д.м.н., профессор, академик РАН

vgakimkin@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6686-90118375-2270SemenenkoTatiana A.СемененкоТатьяна Анатольевна
Russian Federation

MD, PhD, Professor

д.м.н., профессор

meddy@inbox.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1322-01558840-5814UglevaSvetlana V.УглеваСветлана Викторовна
Russian Federation

MD, PhD, Associate Professor

д.м.н., доцент

uglevas@bk.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3093-57314860-7909DubodelovDmitry V.ДубоделовДмитрий Васильевич
Russian Federation

MD, PhD

к.м.н.

dubodelov@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-0616-97771372-7623KuzinStanislav N.КузинСтанислав Николаевич
Russian Federation

MD, PhD, Professor

д.м.н., профессор

kuzin@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0003-4737-941X7156-2948YacyshinaSvetlana B.ЯцышинаСветлана Борисовна
Russian Federation

PhD in Biology, Senior Research Associate

к.б.н., с.н.с.

svetlana.yatsyshina@pcr.mshttps://orcid.org/0000-0001-5524-02969082-5749KhafizovKamil F.ХафизовКамиль Фаридович
Russian Federation

PhD in Biology

к.б.н.

khafizov@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-3503-23669852-8292PetrovVadim V.ПетровВадим Викторович
Russian Federation

head of the scientific group for the development of new molecular biological technologies

руководитель научной группы разработки новых молекулярно-биологических технологий

petrov@pcr.mshttps://orcid.org/0000-0001-7970-74957854-7358CherkashinaAnna S.ЧеркашинаАнна Сергеевна
Russian Federation

PhD in Chemistry

к.х.н.

cherkashina@pcr.mshttps://orcid.org/0000-0002-0121-521X9726-9380GasanovGasan A.ГасановГасан Алиевич
Russian Federation

post-graduate student

аспирант

gasanovgt500@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0001-7524-30802345-4460SvanadzeNino Kh.СванадзеНино Хвичаевна
Russian Federation

Epidemiologist, Laboratory of viral hepatitis, Department of molecular diagnostics and epidemiology

врач-эпидемиолог лаб. вирусных гепатитов отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии

svanadze@cmd.suCentral Research Institute of EpidemiologyЦентральный НИИ эпидемиологииNational Research Center of Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. GamaleyaНациональный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи141120227742542602006202219092022Copyright ©; 2022, "Paediatrician" Publishers LLCCopyright ©; 2022, Издательство "Педиатръ"2022"Paediatrician" Publishers LLCИздательство "Педиатръ"https://vestnikramn.spr-journal.ru/jour/about/submissionshttps://vestnikramn.spr-journal.ru/jour/article/view/2121

Background. The COVID-19 pandemic has exposed health problems, but at the same time has become a powerful impetus for the development of new scientific research in the field of epidemiology, clinic of infectious diseases, diagnostics, bioinformatics and digital methods. On the basis of the Central Research Institute of Epidemiology of Rospotrebnadzor, new unique test systems for the detection of SARS-CoV-2 RNA based on real-time PCR based on loop isothermal amplification (IT) technology have been developed, which allows you to examine samples 3–4 times faster than those developed previously. The Central Research Institute of Epidemiology of Rospotrebnadzor has developed and put into operation the Russian Platform for Aggregation of Information on Virus Genomes (VGARus). The VGARus database contains information about the nucleotide sequences of the SARS-CoV-2 viruses and their mutations, and the SOLAR Integration Platform has been created to quickly transfer the results of PCR studies to all interested citizens of the Russian Federation.

Aims – to study the manifestations of the epidemic process of COVID-19 and the prevalence of genovariants of the SARS-CoV-2 virus in the Russian Federation.

Methods. A retrospective epidemiological analysis of the incidence of COVID-19 was carried out from March 30, 2020 to May 17, 2022 in the Russian Federation. The database was formed on the basis of the materials of the Rospotrebnadzor report form No. 970 “Information on cases of infectious diseases in persons with suspected new coronavirus infection”, data from the WHO, the domestic information portal Stopkoronavirus.rf and the Yandex DataLens data visualization and analysis service were used, information on SARS-CoV-2 genovariants in the VGARus database.

Results. When analyzing the manifestations of the COVID-19 epidemic process in the Russian Federation for 2020–2022. Two stages have been identified. The first stage was characterized by the rapid spread of the SARS-CoV-2 virus from megacities to other regions of the country and the use of non-specific prevention measures. The beginning of the second was due to the evolution of the SARS-CoV-2 virus and a change in its biological properties, followed by a change in the prevailing genovariants on the territory of the Russian Federation.

Conclusion. As a result of the study, it was found that with each subsequent increase in the incidence of COVID-19, there was a decrease in the severity of the course and the proportion of pneumonia in the structure of the clinical forms of the disease.

Обоснование. Пандемия COVID-19 выявила проблемы здравоохранения, но в то же время стала мощным импульсом для развития новых научных исследований в области эпидемиологии, клиники инфекционных болезней, диагностики, биоинформатики и цифровых методов. На базе ФБУН «ЦНИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора (ЦНИИ эпидемиологии) разработаны новые уникальные тест-системы для обнаружения РНК SARS-CoV-2 на основе ПЦР в режиме реального времени с использованием технологии петлевой изотермической амплификации (ИТ), которая позволяет исследовать образцы быстрее в 3–4 раза, чем разработанные ранее методы. В ЦНИИ эпидемиологии разработана и введена в действие российская платформа агрегации информации о геномах вирусов — VGARus, которая содержит информацию о нуклеотидных последовательностях вирусов SARS-CoV-2 и их мутациях, а также создана интеграционная платформа SOLAR для быстрой передачи результатов ПЦР-исследований всем заинтересованным гражданам Российской Федерации.

Цель исследования — изучение проявлений эпидемического процесса COVID-19 и распространенности геновариантов вируса SARS-CoV-2 на территории Российской Федерации.

Методы. Проведен ретроспективный эпидемиологический анализ заболеваемости COVID-19 с 30 марта 2020 по 17 мая 2022 г. на территории Российской Федерации. Использована база данных, сформированная на основе материалов формы отчета Роспотребнадзора № 970 «Информация о случаях инфекционных заболеваний у лиц с подозрением на новую коронавирусную инфекцию», использованы данные ВОЗ, отечественного информационного портала Стопкоронавирус.рф и сервиса визуализации и анализа данных Yandex DataLens, информация по геновариантам SARS-CoV-2 базы данных VGARus.

Результаты. При анализе проявлений эпидемического процесса COVID-19 на территории Российской Федерации за 2020–2022 гг. выделены два этапа. Первый характеризовался быстрым распространением вируса SARS-CoV-2 из мегаполисов в другие субъекты РФ и применением мер неспецифической профилактики. Начало второго этапа было обусловлено эволюцией вируса SARS-CoV-2 и изменением его биологических свойств, с последующей сменой превалирующих геновариантов на территории России.

Заключение. В результате исследования установлено, что с каждым последующим ростом заболеваемости COVID-19 происходило снижение тяжести течения и доли пневмоний в структуре клинических форм заболевания.

COVID-19epidemic processSARS-CoV-2sequencingVGARus databasetest systemsCOVID-19эпидемический процессSARS-CoV-2секвенированиебаза данных VGARusтест-системыCOVID-19: научно-практические аспекты борьбы с пандемией в Российской Федерации / под ред. д-ра мед. наук, проф. А.Ю. Поповой. — Саратов: Амирит, 2021. — 608 с. [COVID-19: nauchno-prakticheskie aspekty bor’by s pandemiej v Rossijskoj Federacii / pod red. d-ra med. nauk, prof. A.Yu. Popovoj. Saratov: Amirit; 2021. 608 s. (In Russ.)]Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., и др. Характеристика эпидемиологической ситуации по COVID-19 в Российской Федерации в 2020 г. // Вестник РАМН. — 2021. — Т. 76. — № 4. — С. 412–422. [Akimkin VG, Kuzin SN, Semenenko TA, et al. Characteristics of the COVID-19 Epidemiological Situation in the Russian Federation in 2020. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences. 2021;76(4):412–422. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.15690/vramn1505Пшеничная Н.Ю., Лизинфельд И.А, Журавлев Г.Ю., и др. Эпидемический процесс COVID-19 в Российской Федерации: промежуточные итоги. Сообщение 1 // Инфекционные болезни. — 2020. — Т. 18. — № 3. — С. 7–14. [Pshenichnaya NYu, Lizinfeld IA, Zhuravlev GYu, et al. Epidemic process of COVID-19 in the Russian Federation: interim results. 1th report. Infekc. Bolezni (Infectious Diseases). 2020;18(3):7–14. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.20953/1729-9225-2020-3-7-14Кутырев В.В., Попова А.Ю., Смоленский В.Ю., и др. Эпидемиологические особенности новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Сообщение 1: Модели реализации профилактических и противоэпидемических мероприятий // Проблемы особо опасных инфекций. — 2020. — № 1. — С. 6–13. [Kutyrev VV, Popova AYu, Smolensky VYu, et al. Epidemiological Features of New Coronavirus Infection (COVID-19). Communication 1: Modes of Implementation of Preventive and Anti-Epidemic Measures. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii (Problems of Particularly Dangerous Infections). 2020;1:6–13. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-1-6-13Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Колосовская Е.Н., и др. Характеристика эпидемиологической ситуации по COVID-19 в Санкт-Петербурге // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. — 2021. — № 5. — С. 497–511. [Akimkin VG, Kuzin SN, Kolosovskaya EN, et al. Assessment of the COVID-19 epidemiological situation in St. Petersburg. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology = Zhurnal Mikrobiologii, Èpidemiologii i Immunobiologii. 2021;98(5):497–511. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.36233/0372-9311-154Задорожный А.В., Пшеничная Н.Ю., Углева С.В., и др. Сравнительный анализ заболеваемости COVID-19 среди населения Москвы и в организованных коллективах в учреждениях общественного проживания в период пандемии // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. — 2021. — № 2. — С. 36–41. [Zadoroshnyi AV, Pshenichnaya NYu, Ugleva SV, et al. Comparative analysis of the incidence of COVID-19 among the population of Moscow and the organized groups of dormitories during the pandemic. Epidemiology and infectious diseases. 2021;(2):36-41. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.18565/epidem.2021.11.2.36-41Пшеничная Н.Ю., Лизинфельд И.А, Журавлев Г.Ю., и др. Эпидемический процесс COVID-19 в Российский Федерации: промежуточные итоги. Сообщение 2 // Инфекционные болезни. — 2021. — Т. 19. — № 1. — С. 10–15. [Pshenichnaya NYu, Lizinfeld IA, Zhuravlev GYu, et al. Epidemic process of COVID-19 in the Russian Federation: interim results. 2nd report. Infekc. Bolezni (Infectious Diseases). 2021;19(1):10–15. (In Russ.)] doi: https://doi.org/ 10.20953/1729-9225-2021-1-10-15Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., и др. Закономерности эпидемического распространения SARS-CoV-2 в условиях мегаполиса // Вопросы вирусологии. — 2020. — Т. 65. — № 4. — С. 203–211. [Akimkin VG, Kuzin SN, Semenenko TA, et al. Patterns of the SARS-CoV-2 epidemic spread in a megacity. Problems of Virology. 2020;65(4):203–211. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-4-203-211Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., и др. Гендерно-возрастная характеристика пациентов с COVID-19 на разных этапах эпидемии в Москве // Проблемы особо опасных инфекций. — 2020. — № 3. — С. 27–35. [Akimkin VG, Kuzin SN, Semenenko TA, et al. Gender-Age Distribution of Patients with COVID-19 at Different Stages of Epidemic in Moscow. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii (Problems of Particularly Dangerous Infections). 2020;3:27–35. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-27-35Беляков В.Д. Внутренняя регуляция эпидемического процесса (ответы на замечания и вопросы, поднятые при обсуждении теории) // Журнал микробиологии. — 1987. — № 10. — С. 78–89. [Belyakov VD. Vnutrennyaya regulyaciya epidemicheskogo processa (otvety na zamechaniya i voprosy, podnyatye pri obsuzhdenii teorii). Zhurnal Mikrobiologii. 1987;10:78–89. (In Russ.)]Беляков В.Д., Голубев Д.Б., Каминский Г.Д., и др. Саморегуляция паразитарных систем. — Ленинград: Медицина, 1987. [Belyakov VD, Golubev DB, Kaminskij GD, i dr. Samoregulyaciya parazitarnyh sistem. Leningrad: Medicina; 1987. (In Russ.)]Kaptelova VV, Bukharina AY, Shipulina OY, et al. Case report: change of dominant strain during dual SARS-CoV-2 infection. BMC Infectios Diseases. 2021;21(1):959. doi: https://doi.org/10.1186/s12879-021-06664-wБорисова Н.И., Котов И.А., Колесников А.А., и др. Мониторинг распространения вариантов SARS-CoV-2 (Coronaviridae: Coronavirinae: Betacoronavirus; Sarbecovirus) на территории Московского региона с помощью таргетного высокопроизводительного секвенирования // Вопросы вирусологии. — 2021. — Т. 66. — № 4. — С. 269–278. [Borisova NI, Kotov IA, Kolesnikov AA, et al. Monitoring the spread of the SARS-CoV-2 (Coronaviridae: Coronavirinae: Betacoronavirus; Sarbecovirus) variants in the Moscow region using targeted high-throughput sequencing. Problems of Virology (Voprosy Virusologii). 2021;66(4):269–278. (In Russ.)] doi: https://doi.org/10.36233/0507-4088-72Проект VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia) — российской платформы агрегации информации о геномах вирусов. Available from: https://genome.crie.ru/app/index (accessed: 28.05.2022).